Im Jahr 1990 kam die Deutsche Einheit, und die Gemeinde Frielendorf schloss eine Partnerschaft mit der Gemeinde Kleinschmalkalden in Thüringen. Auch der CDU GV Frielendorf nahm Kontakt auf mit dem dortigen CDU Gemeindeverband. Man half auf einigen Veranstaltungen den Freunden aus Kleinschmalkalden bei ihrem Wahlkampf in 1990, so gut man es konnte. Der Vorsitzende der CDU Kleinschmalkalden war damals ein Mann namens Andreas Trautvetter, der danach eine hervorragende politische Karriere machte und heute Finanzminister des Landes Thüringen ist — und der trotzdem seine Freunde nicht vergessen hat und uns hier in Frielendorf oder auch dem Kreisverband hilft, wo er kann.

Bei der Kommunalwahl 1993 traten erstmals die Republikaner in Frielendorf an und erreichten mit 12,4 % der Stimmen 4 Sitze im Gemeindeparlament. Die SPD verlor drei Sitze, und auch die CDU verlor wegen 13 fehlender Stimmen einen Sitz und hatte nunmehr noch 7 Sitze. Die Republikaner profitierten von der damaligen Proteststimmung in der Bevölkerung, die sich insbesondere auf die Asyl- und Aussiedlerproblematik konzentrierte. In den folgenden Jahren zeigte sich dann, dass die Republikaner zu pragmatischer, sachbezogener Kommunalpolitik nicht in der Lage waren und sind — leider ist es bis heute nicht gelungen, diesen Sachverhalt der Bevölkerung deutlich zu machen.

Fritz Fenner gab den Fraktionsvorsitz, den er 15 Jahre lang innehatte, an Dietrich Hahn ab.

Auf der JHV Ende 1995 übergab der nicht mehr kandidierende Vorsitzende Reinhold Homberger sein Amt an den neu gewählten Nachfolger, den bis 2003 amtierenden Günter Aubel. Seit November 2003 wird die CDU in Frielendorf von Friedrich Haaß geführt.

Bei der Kommunalwahl 1997 traten neben den im Parlament vertretenen Parteien SPD, CDU und REP auch die wieder gegründete FWG an. So war schon im Vorfeld der Wahl klar, dass man es schwer haben würde, den Stimmenanteil auch nur zu halten, auch wenn mit Verlusten der SPD zu rechnen war.

Die SPD verlor fast 10 Prozent auf nunmehr 54,5%, die CDU rutschte um 3 Prozent auf 20,8%, die FWG erreichte auf Anhieb 13,4% und die REP hielten sich überraschend bei 11,3%. Die Sitzverteilung: SPD 20, FWG 4, REP 4 und CDU noch 6 Sitze.

Auch bei dieser Wahl fehlte wie 1993 das Quäntchen Glück. Die CDU verlor wegen fehlender 11 Stimmen den 7. Sitz und dadurch auch noch den dritten Sitz im Gemeindevorstand.

Im Kreistag ist von der CDU Frielendorf Dietrich Hahn.